این پژوهش به منظور بررسی چند شکلی ژن GOLA-DRB3 با استفاده از PCR-RFLP در بز ندوشن صورت گرفت. در این طرح، از 100 بز به صورت تصادفی خونگیری شد. سپس DNA نمونه های خون دام ها با استفاده از کیت DIAtom DNA pr استخراج گردید. برای تعیین کمیت و کیفیت آن از ژل آگارز یک درصد و اسپکتروفتومتر استفاده شد. ناحیه اگزون 2 جایگاه GOLA-DRB3 به طول bp285 با روش Heminested-PCR در دو مرحله تکثیر و محصولات PCR توسط آنزیم Taq برش داده شدند. محصولات هضم شده توسط الکتروفورز با ژل اکریل آمید 10% یا 2% و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید آشکار گردید. نتایج هضم محصولات PCR با آنزیم TaqI شامل دو قطعه 163bp و122bp (الگوی هضمی T) یا قطعه هضم نشده285bp (الگوی هضمی t) بود. جمعیت از لحاظ ژن GOLA-DRB3 انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ را نشان نداد (p>0.05). شاخص شانون، شاخص نیی، هتروزایگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 0.68، 0.49، 0.55 و 0.49 محاسبه گردید. با توجه به نتایج حاصله کارایی نشانگر GOLA-DBR3 جهت تعیین تنوع ژنتیکی خوب است. با استفاده از نتایج این پژوهش و پژوهش های قبلی و با در دست داشتن رکوردها واطلاعات کمی جایگاه در این جمعیت، می توان شناسایی و تعیین محل جایگاه های موثر بر صفات کمی را انجام داد.

بز سرخ جبال بارز با جمعیتی بالغ بر 450 هزار رأس در منطقه جیرفت و کهنوج پرورش می یابد و با تولید کرک، گوشت قرمز و محصولات لبنی از منابع درآمد مهم عشایر و دامداران محسوب می شود. در این پژوهش که به منظور بررسی چند شکلی ژن GOLA-DRB3 با استفاده از PCR-REFLP در این دام ها صورت گرفت از 100 بز به صورت تصادفی و انفرادی خونگیری شد. سپس DNA نمونه های خون دام ها با استفاده از کیت استاندارد استخراج و تعیین کمیت و کیفیت شد. ناحیه اگزون 2 جایگاه GOLA-DRB3 به طول 285bp با روش Heminested-PCR در دو مرحله تکثیر و محصول PCR توسط آنزیم TaqI برش داده شد. محصولات هضم شده توسط الکتروفورز با ژل اکریل آمید 10% یا ژل 2% و رنگ آمیزی اتیدیوم بروماید آشکار شد. نتایج هضم محصولات PCR با آنزیم TaqI شامل دو قطعه 163bp و 122bp (الگوی هضمی T) یا قطعه هضم نشده285bp  (الگوی هضمی T) بود. جمعیت از لحاظ ژن GOLA-DRB3 انحراف از تعادل هاردی- واینبرگ نشان نداد (P<0.05). شاخص شانون، شاخص نیی، هتروزایگوسیتی مشاهده شده و هتروزایگوسیتی مورد انتظار به ترتیب 0.69، 0.50، 0.52 و 0.50 محاسبه شد. نتایج نشان داد که جمعیت مورد مطالعه تنوع ژنتیکی خوبی دارد و کارایی نشانگر GOLA-DRB3 جهت تعیین تنوع ژنتیکی خوب است. با استفاده از نتایج این پژوهش و پژوهش های قبلی و با در دست داشتن رکوردها و اطلاعات کمی جایگاه در این جمعیت، می توان شناسایی و تعیین محل جایگاه های موثر بر صفات کمی را انجام داد.

زمینه مطالعه: مجتمع اصلی سازگاری نسجی (MHC) شامل گروهی از ژن ها است که نقش مهمی در پاسخ های ایمنی دارند. اگزون 2 از ژن BuLA-DRB3 بخشی از MHC کلاس 2 در گاومیش است که تنوع بسیار بالایی داشته و آلل های آن با مقاومت/حساسیت به بیماریها و همچنین با خصوصیات تولیدی مرتبط هستند.هدف: شناسایی تنوع ژن BuLA-DRB3 در گاومیش های خوزستان و مقایسه آن با سایر جمعیت های گاومیش ایران و جهان.روش کار: نمونه های خون از 136 گاومیش رودخانه ای خوزستانی غیر خویشاوند تهیه گردید. پس از استخراج DNA، اگزون دو از ژن BuLA-DRB3 با روش seminested PCR افزوده سازی شد. سپس قطعات حاصل از افزوده سازی اگزون دو به وسیله آنزیم محدوداثر RsaI برش داده شدند. در ادامه، فراوانی آللی، فراوانی ژنوتیپی، هوموزیگوتی و هتروزیگوتی مورد انتظار و مشاهده شده محاسبه گردید.نتایج: در آنالیز قطعات برشی به ترتیب 13 و 24 الگوی آللی و ژنوتیپی برای آنزیم برشی RsaI شناسایی گردید. 10 مورد از این آلل ها پیش از این گزارش شده بودند. فراوانترین ژنوتیپ (0.1691) oo بوده که به دنبال آن ژنوتیپ های (0.1544) hh، (0.1103) ll، (0.0955) lw، (0.0808) lh، (0.0661) ha و (0.0514) lo قرار داشتند. همچنین چهار آلل با فراوانی بالا به ترتیب آلل های (0.2721) o، (0.2316) h، (0.2316) l و (0.1176) w بودند. این هفت ژنوتیپ و چهار آلل به ترتیب %72.76 و %74.29 فراوانی ژنوتیپی و آللی جمعیت را در بر می گیرند. به علاوه، تخمین هتروزیگوتی/هوموزیگوتی و انحراف از تعادل جمعیت مربوطه حاکی از این مورد است که هوموزیگوتی مشاهده شده بیش از هتروزیگوتی مشاهده شده است و جمعیت از تعادل هاردی واینبرگ انحراف دارد.بحث: نتایج مطالعه حاضر حاکی از تنوع بالای اگزون دو از ژن BuLA-DRB3 در میان جمعیت گاومیش های خوزستان بوده و در عین تفاوت ها در تنوع ژنتیکی MHC گاومیش ها در نقاط مختلف دنیا، جمعیت گاومیش خوزستان با جمعیت گاومیش مصر مشابهت بیشتری دارد.

مجتمع اصلی سازگاری نسجی (MHC) شامل گروهی از ژن ها است که نقش مهمی را در پاسخ های ایمنی داشته و به سه دسته MHC کلاس 1 و 2 و 3 تقسیم می شوند. در گاو MHC یا سیستم آنتی ژن لنفوسیتی به نام BoLA شناخته می شود و روی کروموزوم 23 قرار دارد. ژن های اگزون 2 از ژن (BoLA-DRB3 2.) BoLA-DRB3 بخشی از MHC کلاس 2 در گاو است که تنوع بسیار بالایی داشته و آلل های آن با مقاومت و حساسیت به بیماری ها و همچنین با خصوصیات باروری، رشد و تولید شیر در گاو مرتبط هستند. در این مطالعه چند شکلی 2.BoLA-DRB3 به وسیله روش PCR-RFLP روی 350 نمونه خون گاو هلشتاین ایران مورد بررسی قرار گرفت. پس از استخراج DNA از نمونه های خون کامل2 .BoLA-DRB3 به وسیله روش Seminested PCR افزوده سازی شد و محصولات PCR به وسیله آنزیم های محدود الاثر RsaI, PsuI و HaeIII برش داده شدند. در مجموع 18 الگوی متفاوت در برش های آنزیمی مشاهده شد. با تحلیل الگوهای برش آنزیمی، 48 آلل متفاوت و در این بین 9 آلل جدید در جمعیت مورد مطالعه شناسایی شدند. در تحلیل جمعیتی، فراوانی آلل ها و ژنوتیپ ها، میزان هوموزیگوتی و هتروزیگوتی مورد انتظار و مشاهده شده سنجیده شد. نتایج این مطالعه نشان دهنده چند شکلی بالای 2.BoLA-DRB3 است. همچنین در مقایسه، فراوانی آلل های مستعد کننده به بیماری لکوز بیش از تب برفکی، ورم پستان و برخی بیماری های انگلی بود. شایان ذکر است که فراوانی آلل های مفید در صفات تولید شیر نیز مشابه با سایر جمعیت های بررسی شده بود.

ژن DRB3 از ژنهای بسیار پلی مورفیک گروه II ژنهای کمپلکس اصلی سازگاری بافتی (MHC) می باشد که در تنوع پاسخ ایمنی و مقاومت در برابر بیماری نقش دارد. در مطالعه حاضر ژن Bula-DRB3 از ژنهای گروه II MHC در گاومیشهای آبی شمال غرب ایران با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره ای پلی مراز و چند شکلی فضایی رشته منفرد (PCR-SSCP) مورد مطالعه قرار گرفت. DNA ژنومی از نمونه های خون کامل تعداد 50 گاومیش استخراج گردید. قطعه ای به طول 284 جفت باز از ناحیه اگزون 2 ژن Bula-DRB3 با استفاده از پرایمرهای اختصاصی لوکوس تکثیر گردید. محصولات PCR بر روی ژل غیر دناچوره کننده الکتروفورز گردیدند. تعداد 11 الگوی متفاوت SSCP که بیانگر تنوع آللی در جایگاه ژنی مورد مطالعه بود شناسایی شدند. الگوهای 1، 4 و 10 با داشتن بیشترین فراوانی 58 % از کل الگوهای شناسایی شده را تشکیل دادند. نتایج نشان داد که اگزون 2 ژن Bula-DRB3 در گاومیشهای مطالعه شده بسیار پلی مورفیک می باشد.

هدف این پژوهش، بررسی همراهی همردیف (آلل) های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاخته های تک هسته ای خون محیطی در پاسخ به استافیلوکوکوس آرئوس بود. حیوانات موردبررسی (347 حیوان) شامل 155 گوساله ی آمیخته ی هلشتاین-شاروله، 60 گوساله ی ناشی از آمیزش حیوانات نر هلشتاین-شاروله با حیوانات ماده ی هلشتاین، 46 گوساله ی ناشی از آمیزش حیوانات ماده ی هلشتاین-شاروله با حیوانات نر شاروله و 86 گوساله ی هلشتاین بودند. همه ی حیوانات در هنگام آزمایش هم سن و همه ی تلیسه ها غیر آبستن بودند. برای تعیین ژنوتیپ حیوانات در جایگاه BoLA-DRB3 روش توالی یابی مستقیم استفاده شد. با استفاده از رویه ی REML و مدل های خطی مختلط همراهی همردیف های ژن BoLA-DRB3 با افزایش یاخته های تک هسته ای خون محیطی ارزیابی شد. افزون بر تأثیر ژن BoLA-DRB3، عامل های ثابت گروه ژنتیکی و جنس و عامل تصادفی پدر نیز در مدل گنجانده شد. در این پژوهش، 27 همردیف برای ژن BoLA-DRB3 دیده شد. نتایج نشان داد همردیف های DRB3*0101 و DRB3*0902 با شاخص تحریک استافیلوکوکوس آرئوس همراهی دارند (05/0P<). یافته های این پژوهش می تواند برای شناخت سازوکار زیست شناختی (بیولوژیکی) پاسخ ایمنی میزبان علیه استافیلوکوکوس آرئوس سودمند باشد.

ژن مجتمع اصلی سازگاری نسجی (mhc) ملکول های MHC کلاس I و II را کد می کند که در عرضه پپتید های آنتی ژنی به یاخته های T نقش دارند. این ملکول های پلی مرف نقش مهمی در بروز حساسیت و یا مقاومت به بیماری های عفونی دارند. در تحقیق حاضر ارتباط توالی اسید آمینه های جایگاه اتصال پپتید آنتی ژنی در آلل های مختلفBoLA-DRB3  با بروز حساسیت یا مقاومت به اسهال در گوساله ها بررسی شد. با بررسی نمونه های خون اخذ شده از 171 گوساله (84 گوساله اسهالی و 87 گوساله سالم) با استفاده از روش  PCR- RFLPدوازده آلل مختلفBoLA-DRB3  شناسایی شد. توالی اسید آمینه آلل ها در ناحیه اتصال به پپتید آنتی ژنی مورد مقایسه قرار گرفت. آلل های مذکور در این ناحیه 26 جایگاه پلی مرف دارند. ارتباط معنی داری بین وقوع اسهال و حضور اسید آمینه های گلوتامیک اسید و ترئونین در پاکت 4 و اسید آمینه های والین، گلوتامین و لوسین در پاکت 9 ناحیه اتصال آنتی ژن مشاهده شد. بنابراین می توان چنین نتیجه گرفت که اسید آمینه های موجود در پاکت های 4 و 9 ملکول BoLA-DRB3 در بروز حساسیت و یا مقاومت به اسهال گوساله ها نقش مهمی دارند.

انتخاب حیوان بر اساس نشانگرهای مولکولی یکی از جدید ترین روش های اصلاحی است که می تواند باعث بهبود صحت پیش بینی و پاسخ به انتخاب شود. در این آزمایش ژن های کاندیدای کالپاستاتین و آنتی ژن های لنفوسیتی گاوی (BoLA-DRB3) در گاوهای نژاد سیستانی با استفاده از روش PCR-RFLP بررسی شدند. ژن کالپاستاتین در بررسی راندمان رشد و کیفیت گوشت به عنوان یکی از ژن های کاندیدا شناخته شده است و از ژن DRB3 به عنوان یک ژن کاندیدا در ارتباط با بیماری ها و صفات ایمونولوژیکی در گاو استفاده می شود. از89 راس گاو نژاد سیستانی در ایستگاه تحقیقات گاو سیستانی زهک به طور تصادفی خون گیری به عمل آمد. استخراج DNA از خون و واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR) جهت تکثیر ناحیه چند شکلی ژن های کالپاستاتین و BoLA-DRB3 انجام گرفت. واکنش هضم آنزیمی قطعات تکثیر شده ژن کالپاستاتین به وسیله آنزیم محدود الاثر MspI و ژن BoLA-DRB3 به وسیله آنزیم های Rsa I، Hae III و BstY I انجام گرفت. فراوانی های آللی M و N ژن کالپاستاتین در این نژاد به ترتیب 0.764 و0.236 برآورد گردید. آزمون χ2 تعادل هاردی - واینبرگ را در جمعیت نشان داد. در طی این پژوهش 19 آلل در جایگاه ژنی BoLA-DRB3 مربوطه در گاو سیستانی شناسایی شد. فراوانی آللی در این نژاد بین0.22 تا 0.1 بود و دو آلل 8* و 34* فراوان ترین آلل ها در جمعیت مورد مطالعه بودند. نتایج پژوهش حاضر نشان می دهد که تنوع ژنتیکی در این نژاد می تواند به برنامه های انتخابی آینده مخصوصا انتخاب به کمک نشانگر (MAS) کمک نماید.

مجتمع عمده ی پذیرش بافتی (MHC) نقشی مهم در پاسخ های ایمنی دارد و تنوع مولکول های آن با توانایی شناخت و پاسخ به پپتیدهای بیگانه مرتبط است. در میان ژن های MHC گاوسانان، ژنوتایپینگ DRB3 برای بررسی های ژنتیک جمعیت و ارتباط MHC با صفات ایمنی و صفات تولیدی کاربرد بیش تری دارد. در این تحقیق اگزون دوم ژن Bubu-DRB3 با روش واکنش زنجیره ای پلیمراز افزوده شد و سه روش تحلیل دقیق دمای شکافت (HRM)، تحلیل الگوهای برش آنزیمی (RFLP) و تعیین توالی مستقیم برای تعیین ژنوتیپ DRB3 گاومیش مورد استفاده قرار گرفتند تا امکان استفاده از روش HRM و یا جایگزینی آن با سایر روش ها مورد ارزیابی قرار گیرد. نتایج نشان داد که روش HRM با نتایج تعیین توالی و RFLP تطابق دارد و می توان از آن برای ژنوتایپینگ ژن DRB3 گاومیش بهره برد. به نظر میرسد استفاده از روش تحلیل دقیق دمای شکافت کاربرد زیادی در بررسی تنوع ژن های MHC پیدا کند. اگر چه با این روش نمی توان آلل های هر کرومزوم را تشخیص داد ولی با توجه به ماهیت هم بارز ژن های MHC، نتایج آن برای بررسی تنوع و ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ ایمنی قابل قبول خواهد بود.

از ژن های سیستم ایمنی که آلل های مختلف آن نقش مهمی در ایجاد حساسیت و یا مقاومت به بیماری ورم پستان دارد، ژن BoLA-DRB3 میباشد. در مرحله اول این پژوهش تعداد 30 نمونه خون از 30 راس گاو نژاد سرابی (از منطقه سراب و مناطق اطراف آن)، 39 نمونه خون دیگر از 39 راس گاو نژاد هلشتاین (از گاوداری های اطراف تهران) و 214 نمونه خون از گاوهای هلشتاین کشت و صنعت مغان که 150 راس از این گاوها حساس و 64 راس آنها مقاوم به بیماری ورم پستان بودند (در قالب 41 خانواده ناتنی) تهیه گردید. جهت بررسی چندشکلی در ریزماهواره های موجود در اینترون 2 ژن BoLA-DRB و محاسبه فراوانی اللی نشانگرها و همچنین مقایسه تنوع اللی در بین نژاد بومی ایران (سرابی) و نژاد اصلاح شده (نژاد هلشتاین)، نمونه های خون بطور تصادفی تهیه گردید. در این نمونه ها، دو ریزماهواره ای DRB3 و DRBP1 (هر دو در داخل اینترون 2 ژن DRB قرار دارند) مورد بررسی قرار گرفتند. در مرحله دوم، جهت بررسی پیوستگی احتمالی بیماری ورم پستان با آلل های مختلف ژن مورد نظر، ریزماهواره DRB3 در 214 راس گاو شیرده مورد استفاده قرار گرفت. در نژاد سرابی 9 و 5 الل و در نژاد هلشتاین 10 و 4 الل مختلف به ترتیب برای نشانگرهای DRBP1 و DRB3 مشاهده گردید و ضریب هتروزیگوسیتی برای دو نشانگر در نژاد سرابی و هلشتاین به ترتیب 0.49 و 0.67 محاسبه گردید. نتایج این مطالعه نشان می دهند که نشانگرهای DRB3 و DRBP1 در نژاد بومی ایران (سرابی) چندشکلی دارند و می توانند به عنوان نشانگر ژنتیکی مورد استفاده قرار گیرند. در 214 نمونه بررسی شده از گاوهای شیرده هلشتاین نیز تعداد 8 نوع الل برای نشانگر DRB3 مشاهده گردید. با توجه به نتایج بدست آمده از تجزیه آماری داده ها، الل شماره 5 پیوستگی معنی داری (P<0.05) با بیماری ورم پستان نشان داد.